گروه داعش بیش از ده مدرسۀ رسمی در این ولایت دارد و جنگ‌جویانش را آموزش می‌دهد. شاگردان مدرسه‌های دولت اسلامی در ننگرهار پسران جنگ‌جویان این گروه و برخی از باشنده‌گان محل می‌باشند. آقای حقانی که دوسال پیش فتوای جهاد علیه داعش را صادر کرد گفته‌است که در ولسوالی‌های اچین، ده‌بالا، نازیان و کوت ننگرهار مدرسه‌های داعش فعال است و افرادشان آموزش نظامی می‌بینند. به گفتۀ او این مدرسه‌ها در گذشته توسط دولت برای پسران باشنده‌گان ولسوالی‌های آسیب‌پذیر توسط داعش، تاسیس شده بود ولی پس از تصرف گروه داعش به این بخش‌ها مدرسه‌ها نیز زیر اداره‌اش در آمدند. حقانی گفته‌است شمار اندک باشنده‌گان محل در مدرسه‌های داعش آموزش می‌بینند و بیش‌تر شاگردان این مدارس، کودکان جنگ‌جویان داعش و جوانان که در صف این گروه فعالیت دارند، آموزش‌های نظامی فرا می‌گیرند. او گفته‌است شاید حدود بیست تا بیست و پنج مدرسه که سابق اعمار شده بود در دست داعش باشد و دیگر تمام مدرسه‌ها تحت مراقبت جدی ادارۀ حج و اوقاف قرار دارد. در همین حال عطاءالله خوگیانی، سخن‌گوی والی ننگرهار با تایید مدرسه‌های داعش در ولسوالی شینوار گفته‌است که در تلاش نابودی آن هستند.